为该片配乐的是约翰·威廉姆斯。他一开始被该片所震惊，并认为配乐非常有难度。他对斯皮尔伯格说：“你得去找个比我更好的来给这电影配乐。” 斯皮尔伯格回答：“我知道，但他们都死啦！”[5]威廉姆斯亲自弹奏了主题钢琴曲，也听从斯皮尔伯格的意见，找伊扎克·帕尔曼来演奏了一个小提琴版本。再一次对帕尔曼的采访中，他说
“……他（威廉姆斯）把每个音符都表现得非常真实，令人难以置信。我问，‘你这音乐是哪儿来的啊，约翰？’ 他说，‘我跟着《屋顶上的小提琴手》练习了一下，然后所有的灵感都非常自然地出现了。’”记者：“第一次要你为《辛德勒的名单》演奏的时候，你是一口答应了，还是犹豫了一会？或者说，你不确定你是不是想要给电影配乐？”帕尔曼：“没有，从来没想过。在那种情况下，我觉得这部电影的主题对我非常重要。我感到我可以了解了解历史就开始创作，感受历史，然后间接地沦为历史的受害者。”
[6] 在犹太区被纳粹军人清扫的场景中，响起了儿童唱诗班演唱的民谣歌曲《Oyfn Pripetshik》。斯皮尔伯格的祖母经常给她的孙辈们唱起这首歌。[7]黑管独奏是由传统东欧犹太教音乐家 Giora Feidman 录制的。威廉姆斯因本片配乐第五次获得了奥斯卡最佳配乐奖。
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